Ārsts, medicīnas doktors, sabiedrisks darbinieks.
Dzimis Vārkavas pagasta Šķilteros Preiļupes krastā pie ietekas Feimankā, vietā, kurā dzimis arī viņa tēvs Ignats Upenieks. Māte Marija Strode nākusi no Litiniškām. Eduards bija jaunākais bērns ģimenē, kurā jau auga 16 gadus vecais brālis Aloizs, 10 gadus vecā māsa Paulīne un 2 gadus vecākā māsa Monika. Māsiņa Agnese un brālis Jānis bija miruši bērnībā.
Mācības uzsācis 1928. gadā Desetniekos – Ančkinu četrklasīgajā pamatskolā. Mācījies Preiļu pamatskolā (1933 – 1935). 1935. gadā Eduards Upenieks iestājās Daugavpils 1. Valsts ģimnāzijā, kuru pabeidza 1940. gadā un saņēma 1. šķiras apliecību ar tiesībām iestāties universitātē.
1940. gadā Eduards Upenieks iestājās Latvijas Universitātes Juridiskajā fakultātē. Nāca 1941. gads un Eduards Upenieks Rīgu atstāja un atgriezās dzimtajās mājās Šķilteros. Līdz mobilizācijai vācu armijā Eduards Upenieks strādāja par skolotāju Preiļu pamatskolā (1940 – 1944). Tuvojās fronte un Eduards Upenieks nolēma doties uz Latviešu leģionu, uz 15. divīziju, kas atradās Vidzemē. Viņš pieteicās gaisa izpalīgos un tika nosūtīts uz Vāciju. 1944. gadā izceļoja uz Itāliju, vēlāk Spāniju.
Romā sācis studēt medicīnu, bet vēl nepabeidzis studijas, 1950. gadā izceļoja uz Kanādu, cerībā tur Monreālā pabeigt ārsta studijas, bet pēc vilšanās atgriezās Eiropā un pabeidza Salamankas universitāti Spānijā (1953).
Spānijā viņš iestājās jezuītu dibinātās un vadītās Gregoriannum universitātes vakara kursos, studēja filozofiju un kultūru. Triju gadu laikā tos pabeidzis, Eduards ieguva Pija XII sudraba medaļu – augstāko uzslavas balvu, kas paredzēta šī kursa labākajiem absolventiem. 1954. gadā Eduards Upenieks atgriezās Kanādā.
1972. gadā Latvijas sūtniecības vadītājs Vašingtonā norīkoja Dr. E. Upenieku par latviešu goda konsulu Kanādā. Konsula pienākumus viņš veica līdz 1988. gadam.
Izveidojis latviešu veco ļaužu mītni „Kristus dārzs”. Par nopelniem cilvēces labā Vatikāns viņu apbalvojis ar „Pro Ecclesia et Pontifice” krustu.
Finansiāli atbalstījis Preiļu muižas kapelas restaurācijas darbus un atsevišķu Itālijas renesanses mākslinieku darbu kopiju izgatavošanu un eksponēšanu atjaunotajā kapelā, par ko saņēmis Preiļu goda pilsoņa nosaukumu un goda zīmi 2006. gadā. Sniedzis personisku palīdzību Preiļu iedzīvotāju ārstēšanā.
Miris 2017. gada 6. oktobrī.